妨害动植物防疫、检疫罪的立案标准是：非法处置疫区内易感动物或者其产品，货值金额5万元以上的；非法处置因动植物防疫、检疫需要被依法处理的动植物或者其产品，货值金额2万元以上的；非法调运、生产、经营感染重大植物检疫性有害生物的林木种子、苗木等繁殖材料或者森林植物产品的。
法律依据：
《最高人民检察院 公安部关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定（一）的补充规定》第九条第二款
违反有关动植物防疫、检疫的国家规定，有引起重大动植物疫情危险，涉嫌下列情形之一的，应予立案追诉：
（一）非法处置疫区内易感动物或者其产品，货值金额5万元以上的；
（二）非法处置因动植物防疫、检疫需要被依法处理的动植物或者其产品，货值金额2万元以上的；
（三）非法调运、生产、经营感染重大植物检疫性有害生物的林木种子、苗木等繁殖材料或者森林植物产品的。
